2002年为贯彻同济大学和南汇区人民政府签署的《面向二十一世纪全面合作协议书》的精神,按照上海同济南汇科技产业园“科技成果的转化基地、科技企业的孵化基地、科技人才的培养基地、创新工程的实验基地”的发展宗旨,上海南方科技学院在同济南汇科技产业园教培研发基地应运而生。是经上海市人民政府批准成立的以培养高级应用型高端人才为主的高等教育院校,学院多次被教育部门评为优秀院校,2013年又获“全国高等教育优秀特色院校”称号。学院下设了护理学院、师范学院、城铁学院、航空学院、航海学院、文理学院、六个二级学院和一个培训中心及基础部,并开设了三十多个适应市场经济发展急需的新型品牌专业,涵盖文、理、工、经、医、艺等多个学科。